Von der Art der Kontaktlinsen hängt auch ab, welches Reinigungsmittel man verwenden sollte. Sowohl harte als auch weiche Kontaktlinsen, die länger als einen Tag getragen werden, erfordern eine besondere Pflege. Vor allem die regelmäßige Entfernung von Bakterien und Ablagerungen ist notwendig. Bei weichen Kontaktlinsen ist dies sogar noch wichtiger als bei harten, da Erstere anfälliger sind für Bakterienbefall. Zur groben Reinigung harter wie auch weicher Kontaktlinsen kann eine Kochsalzlösung verwendet werden. Diese eignet sich aber vor allem dazu, um kleine Partikel von der Linse abzuspülen oder die Linse über einen kurzen Zeitraum hinweg aufzubewahren, nicht jedoch zur gründlichen Desinfektion. Diese ist allerdings wichtig, um das Auge nicht der Gefahr einer Entzündung auszusetzen.

Zur Desinfektion eignen sich beispielsweise die so genannten Kombilösungen, die meistens auf der Basis von Wasserstoffperoxid funktionieren. Sie desinfizieren die Linse nicht nur, sondern neutralisieren sie danach auch wieder. Bei dem so genannten Dualsystem werden die Schritte Desinfizieren und Neutralisieren separat vorgenommen. Bei den meisten Lösungen muss man genau auf die in der Packungsbeilage angegebene Aufbewahrungszeit achten, bevor man die Linse wieder ins Auge setzen darf, da die nicht fertig neutralisierte Lösung das Auge stark reizen oder gar schädigen kann. Oft wird zusammen mit der Reinigungslösung ein spezieller Kontaktlinsenbehälter geliefert.

Zur weiteren Pflege sind auch Proteinentferner wichtig für die richtige Reinigung von Kontaktlinsen. Rückstände von Proteinen, die eine Linse auf Dauer nicht nur unangenehm tragbar, sondern auch unbrauchbar machen, lassen sich hiermit leicht entfernen. Bei der Wahl des geeigneten Reinigungsmittels für Kontaktlinsen hilft ein Augenarzt oder Optiker.

Generell gilt: Je länger der Tragezeitraum der Kontaktlinse, desto aufwändiger sollte die Reinigung sein, denn mit der richtigen Pflege verbessert sich nicht nur der Tragekomfort, sondern auch die Haltbarkeit der Linsen.